BPTPB mempunyai Struktur Organisasi secara berjenjang meliputi Kepala Balai, Kepala Sub Bagian Tata Usaha, Kepala Seksi Pengembangan Budidaya Air Tawar, dan Kepala Seksi Pengembangan Budidaya Air Payau/Laut (Sebagaimana yang ditampilkan pada Bagan Organisasi).

Balai Pengembangan Teknologi Perikanan Budidaya memiliki 4 Unit Kerja Budidaya Air Tawar dan 3 Unit Kerja Budidaya Air Payau dan Air Laut yang terletak di 4 Kabupaten di DIY, yaitu :
- Unit Kerja Budidaya Air Tawar Cangkringan
- Unit Kerja Budidaya Air Tawar Wonocatur
- Unit Kerja Budidaya Air Tawar Sendangsari
- Unit Kerja Budidaya Air Tawar Bejiharjo
- Unit Kerja Budidaya Air Payau Samas
- Unit Kerja Budidaya Air Laut Congot
- Unit Kerja Budidaya Air Laut Sundak
