Balai Pengembangan Teknologi Perikanan Budidaya mempunyai tugas menyelenggarakan pengembangan teknologi budidaya air tawar, air payau, dan air laut untuk meningkatkan persentase benih perikanan budidaya bersertifikat yang terdistribusi.
Pembentukan organisasi Balai Pengembangan Teknologi Perikanan Budidaya (UPTD-BPTPB) didasarkan pada Peraturan Gubernur Nomor 97 tahun 2018 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Kelautan dan Perikanan.
- Peraturan Daerah Provinsi DIY Nomor 7 Tahun 2002 – Tentang Pembentukan dan Organisasi Unit Pelaksana Teknis Dinas pada Dinas Daerah di Lingkungan Pemerintah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta
- Peraturan Daerah DIY Nomor 6 Tahun 2008 – Tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta
- Peraturan Gubernur DIY Nomor 39 Tahun 2008 – Tentang Rincian Tugas dan Fungsi Dinas dan Unit Pelaksana Teknis pada Dinas Kelautan dan Perikanan
- Peraturan Gubernur DIY Nomor 93 Tahun 2015 – Tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis pada Dinas Kelautan dan Perikanan
- Peraturan Gubernur DIY Nomor 97 Tahun 2018 – Tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Kelautan dan Perikanan
Adanya UPTD-BPTPB diharapkan tugas-tugas teknis perikanan budidaya pada Dinas Kelautan dan Perikanan Daerah Istimewa Yogyakarta, khususnya perbenihan dan pengelolaan induk dan pelayanan teknologi budidaya dapat dilaksanakan secara lebih baik.