Penyakit ikan akibat faktor lingkungan sering mengakibatkan kerugian yang serius, karena kematian yang terjadi berlangsung sangat singkat dan umumnya mematikan seluruh populasi ikan. Kasus penyakit tersebut misalnya kematian massal ikan di waduk akibat umbalan (turn-over), keracunan akibat peledakan populasi plankton (blooming), keracunan pestisida/limbah industri/bahan kimia lainnya.
Ikan tercekik (deplesi oksigen)
Kekurangan oksigen terlarut umumnya terjadi di kolam maupun di perairan umum (karamba jaring apung) menjelang pagi hari akibat populasi fitoplankton yang tinggi atau pada saat tekanan atmosfir rendah dan kurang cahaya matahari dalam waktu yang cukup lama. Pengendalian : penggantian air baru; meningkatkan difusi oksigen dari udara ke air melalui pergerakan air seperti kincir air, aerasi, dll; menerapkan padat penebaran yang disesuaikan dengan daya dukung air dalam memasok oksigen.
Keracunan nitrit
Keracunan nitrit atau methemoglobinemia atau penyakit darah coklat adalah penyakit yang disebabkan oleh konsentrasi nitrit yang tinggi di dalam air. Gejala methemoglobinemia diantaranya sulit bernafas, lemas, meloncat ke permukaan air atau berkumpul di saluran pemasukan air dan insang berwarna merah kecoklatan. Pengendalian : meningkatkan kelarutan oksigen dalam air; penggantian air baru untuk menurunkan konsentrasi nitrit dalam air; pemberian unsur klorida (biasanya garam) ke dalam air untuk meningkatkan rasio Cl : NO2 (minimal 5:1) dang mengurangi jumlah pakan terbuang; penggunaan probiotik pereduksi N (nitrosomonas, Nitrobacter).
Keracunan amonia
Amonia terlarut dalam air terdapat dalam bentuk yaitu tidak terionisasi (sangat beracun, NH3) dan terionisasi (kurang beracun, NH4+); daya racun amonia sangat dipengaruhi oleh pH dan suhu air, semakin tinggi pH atau suhu air, maka makin tinggi pula daya racun amonia. Gejala ikan keracunan amonia antara lain terlihat lemas, meloncat ke permukaan air atau berkumpul di saluran pemasukan air. Pengendalian : meningkatkan kelarutan oksigen dalam air, mengurangi jumlah pakan terbang, penggantian air baru untuk menurunkan konsentrasi amonia dalam air, penggunaan probiotik pereduksi N (Nitrosomonas, Nitrobacter).
Emboli gas (gas bubble disease)
adalah kondisi gas lewat jenuh (nitrogen, oksigen, dan karbondioksida) dalam tubuh ikan dan menyebabkan adanya gelembung udara di dalam darah dan jaringan tubuh. Emboli menyebabkan ikan sulit bernafas dan mata menonjol, pada kasus yang parah, tubuh ikan penuh dengan gelembung udara dan ikan mengambang di permukaan. Konsentrasi gas lewat jenuh dapat terjadi antara lain : kenaikan suhu air yang berlangsung cepat, karena kemampuan air untuk mengikat gas akan menurun dengan meningkatnya suhu; peledakan populasi alga (blooming) dan aktivitas fotosintesa olah tanaman berklorofil; air dari sumur dalam, ketika air dipompa ke atas tekanan pada permukaan air tersebut akan berkurang. Pengendalian : menghindari hal-hal yang memicu terjadinya kelarutan gas lewat jenuh, aerasi kuat untuk mengurangi akumulasi gas nitrogen dalam air, memindahkan ikan sakit ke air yang normal.
Fluktuasi suhu air yang ekstrim
Ikan tidak mampu untuk beradaptasi terhadap perubahan suhu air yang ekstrim (fluktuasi suhu yang tinggi dalam waktu yang relatif singkat) karena akan merusak keseimbangan hormonal dan fisiologis tubuh yang berakibat stress bahkan kematian mendadak. Kondisi ini sangat sensitif, terutama bagi larva dan benih ikan. Pengendalian : menjaga kestabilan suhu pada kisaran optimum bagi jenis yang dibudidayakan, baik secara fisik maupun mekanisme.
Limbah polutan
Kasus keracunan limbah polutan dapat menyebabkan kematian mendadak dan merata pada keseluruhan area. Kerusakan insang terjadi karena organ ini yang pertama kontak dengan air yang mengandung polutan. Pengendalian : mencegah terjadinya kontaminasi dapat menggunakan filter pengubah ion atau pemberian EDTA yang dapat menyerapa Pb, Zn, Cu dan logam berat lainnya; keracunan besi (Fe) dapat dihindari dengan cara memberikan aerasi kuat dan menyaring dengan saringan pasir; ikan yang masih hidup segera pindahkan ke kolam lain yang tidak mengandung bahan keracunan.
Umbalan (turn-over)
Umbalan merupakan fenomena pembalikan masa air dari permukaan ke dasar, dan sebaliknya karena adanya perbedaan kerapatan (berat jenis) akibat perbedaan suhu air (4⁰C) diantara kedua lapisan kolom air. Umbalan sering terjadi pada sentra budidaya perikanan secara insentif di waduk atau danau disebabkan oleh tumpukan bahan organik (N,P, S, C, dll) pada kolom air yang hampir tidak mengandung oksigen (anoxic zone). Karena tidak ada oksigen, maka proses dekomposisi menyebabkan suhu air pada kolom tersebut menjadi relatif hangat. Pada kondisi tidak ada sinar matahari dan hujan, suhu air permukaan menjadi lebih rendah daripada suhu di dasar yang mengakibatkan pembalikan massa air dari permukaan ke dasar atau sebaliknya. Ikan akan keracunan dan deplesi oksigen sehingga terjadi kematian massal. Pengendalian : jumlah KJA harus disesuaikan dengan daya dukung lingkungan perairan; pemilihan lokasi budidaya KJA y ang relatif dalam dan ada sedikit arus, sehingga penumpukan sisa pakan dan feces ikan di bawah KJA dapat dikurangi. Pengaturan jarak antar KJA, melakukan rotasi (pemindahan) lokasi budidaya selama beberapa periode.
Penyakit malnutrisi
Penyakit malnutrisi umumnya jarang menunjukkan gejala yang spesifik. Defisiensi unsur tertentu dalam diet pakan akan berakibat kelainan morfologis dan fungsi fisiologis. Kekurangan nutrisi dapat terjadi karena masing-masing jenis ikan mempunyai kebutuhan dasar nutrisi yang berbeda (dietery requirement). Vitamin memiliki sifat yang labil dan mudah rusak serta tidap dapt disintesa tubuh, sehingga ikan rentan terhadap defisiensi vitamin. Pengendalian : pemberian pakan yang sesuai (kualitas dan kuantitas) dengan jenis, sifat, umur, serta aktivitas ikan yang dibudidayakan); penyimpanan pakan (buatan atau alami) mengikuti persyaratan dari pabrikan/pemasok; menambahkan vitamindan/atau mineral untuk melengkapi nutrisi yang kurang.
Defisiensi vitamin C
Vitamin C merupakan vitamin yang sangat labil, mudah rusak apabila terkena panas dan mudah larut dalam air, umumnya terjadi pada saat proses pembuatan da penyimpanan pakan yang kurang baik atau terlalu lama. Manfaat vitamin C : berperan dalam proses osifikasi atau konversi tulang rawan menjadi tulang sejati; sebagai ko-enzim reaksi biokimia dalam tubuh; meningkatkan ketahanan tubuh (imunitas) terhadap penyakit infeksius; mencegah stres akibat perubahan lingkungan; mempercepat proses penyembuhan luka. Kekurangan vitamin C menyebabkan lordosis dan skoliosis (broken back syndrome). Gejala klinis lordosis adalah tubuh melengkung ke atas atau ke bawah, sedangkan skoliosis tubuh ikan membengkok ke samping. Pengendalian : pemberian suplemen vitamin C dosis 250mg/kg pakan sebagai pencegahan dan dosis 500 mg/kg pakan untuk meningkatkan ketahanan tubuh dan pertumbuhan ikan.
Penyakit kuning (jaundice)
Penyakit kuning umumnya terjadi pada ikan lele dan patin ukuran diatas 100 gram/ekor. Penyakit ini disebabkan oleh pemberian pakan yang kurang baik dan tidak higienis yang berasal dari limbah peternakan ayam dan/atau ikan rucah yang mengalami degradasi lemak (tengik/rancid). Gejala klinis : penurunan nafsu makan, insang mulai membusuk dan geripis, kulit dan organ lainnya berwarna kuning akibat ekses pigmen empedu (bilirubin) hasil metabolisme haemoglobin dalam darah. Kematian ikan mencapai 90% dari total populasi. Pengendalian : pemberian pakan yang sesuai (kualitas dan kuantitas) dengan jenis, sifat, umur, serta aktivitas ikan yang dibudidayakan; menambhakan vitamin dan/atau mineral untuk melengkapi nutrisi yang kurang; hindari pemberian pakan yang berasal dari limbah peternakan ayam dan/atau ikan rucah yang telah mengalami degradasi lemak; penggantian air yang lebih sering.
Penyakit genetis
Penyakit akibat faktor genetik jarang dilaporkan meskipun secara aktual merupakan penyebab yang kompleks pada usaha budidaya ikan. Perkawinan sekerabat (in breeding) yang berlangsung terus menerus akan berdampak penurunan variasi genetik pada ikan, dan dampak yang terlihat antara lain : pertumbuhan yang lambat dn variasi ukuran yang luas (blantik); lebih sensitif terhadap infeksi pathogen; organ tubuh invalid, seperti operkulum yang tidak tertutup sempurna, tubuh bengkok atau sirip tidak lengkap. Pengendalian : hindari perkawinan sekerabat (in breeding).