Pembenihan merupakan suatu rangkaian proses untuk menghasilkan benih yang selanjutnya akan dijadikan sebagai komponen input untuk kegiatan pendederan. Pembenihan ikan lele dengan pemijahan alami dilakukan tanpa adanya perlakuan terhadap induk yang akan dipijahkan. Kegiatan pembenihan ikan lele secara garis besar meliputi persiapan wadah pemijahan, seleksi induk, pemijahan, penetasan telur, dan pemeliharaan larva.
- Persiapan wadah pemijahan
Wadah yang digunakan untuk pemijahan ikan lele berupa bak beton dengan ukuran 2 x 2 x 1 m. Dinding dan dasar bak disikat untuk membersihkan dari kotoran dan patogen yang kemungkinan ada dari siklus sebelumnya, lalu bak dikeringkan selama 2 – 3 hari. Sifat telur ikan lele yang menempel, sehingga memerlukan substrat pada saat proses pemijahannya. Substrat untuk penempelan telur berupa kakaban diletakkan di dasar bak (terendam air) dan diberikan pemberat. Air diisi ke dalam bak pemijahan sampai ketinggian 30 – 45 cm. Standar kualitas air yang harus dipenuhi untuk pemijahan ikan lele meliputi suhu 25 – 30 ˚C, pH 6,5 – 8, DO minimal 3 mg/L,dan Amoniak maksimal 0,01 mg/L (SNI 2014).
- Seleksi Induk
Induk yang akan digunakan untuk kegiatan pemijahan haruslah memenuhi beberapa persyaratan seperti bobot induk lebih dari 1 Kg dengan usia lebih dari 1 tahun, sudah matang gonad, sehat, tidak cacat, memiliki surat keterangan asal induk. Secara spesifik, induk lele jantan dan betina memiliki ciri fisik sebagai berikut :
| Ciri Fisik | Jantan | Betina |
| Ciri genital | Berwarna kemerahan, bentuk meruncing | Berwarna kemerahan, bentuk membulat |
| Pergerakan | Cepat, lincah | Agak lambat |
| Bentuk tubuh | Ramping | Bagian perut membesar, apabila diurut terasa lembek |
Induk yang dipilih merupakan induk yang sudah dipelihara dengan pemberian pakan yang teratur, kecukupan protein dan nutrisinya tercukupi, serta dipelihara pada kolam yang memenuhi standar.
- Pemijahan
Pemijahan merupakan rangkaian kegiatan pengeluaran telur dari induk betina dan sperma dari induk jantan. Induk yang sudah diseleksi kemudian ditimbang bobotnya dan ditebar ke dalam bak pemijahan yang sudah disiapkan sebelumnya dengan perbandingan jantan : betina adalah 1 : 1. Penebaran induk biasanya dilakukan pada pagi hari pukul 08.00 – 10.00. Hal ini dilakukan agar mengurangi stress pada ikan yang dipengaruhi oleh suhu lingkungan. Pemijahan pada ikan lele biasanya terjadi pada pukul 23.00 – 01.00. Telur yang telah terbuahi akan menempel pada substrat kakaban.
- Penetasan telur
Telur lele akan menetas kurang lebih 24 jam setelah pembuahan. Induk ikan lele yang ada di dalam bak pemijahan kemudian diambil dan diletakkan di dalam kolam karantina ikan. Hal ini dilakukan untuk pemulihan induk setelah pemijahan. Pengobatan dilakukan apabila terdapat luka pada tubuh induk lele. Kakaban yang ada di dalam bak pemijahan kemudian diambil pemberatnya sehingga kakaban mengapung dan tetap diletakkan di dalam bak pemijahan sampai semua telur menetas.
- Pemeliharaan Larva
Pemeliharaan larva ikan lele dilakukan di bak pemijahan. Larva tidak dipindahkan untuk mengurangi adanya stress pada larva yang dapat emnyebabkan kematian. Kolam pemeliharaan larva dilengkapi dengan aerasi untuk menjaga kandungan oksigen terlarut yang ada di dalam kolam. Pemberian paranet di atas bak pemeliharaan dapat dilakukan apabila bak terkena sinar matahari langsung. Hal ini dilakukan untuk menghindari pertumbuhan fitoplankton/ lumut di bak pemeliharaan. Larva yang baru menetas memiliki cadangan makanan eggyolk sac pada tubuhnya sehingga pemberian pakan pada larva dimulai sesaat sebelum cadangan makanan tersebut habis. Pakan awal untuk larva lele dapat berupa cacing sutera dan dapat dicampur dengan pakan berbentuk tepung.